O Desconto na Nota Fiscal Diminui a Base de Cálculo do ICMS?

Sim, o valor do desconto na nota fiscal diminui a base de cálculo do ICMS!

Funciona assim: quando você aplica um desconto na nota fiscal, o valor é distribuído proporcionalmente entre todos os itens.
Esse valor, então, é subtraído do valor total de cada item e, consequentemente, do valor da base de cálculo do ICMS.